Problème résolu après pas mal de recherches.
Le problème venait du fait que ma TV ne supporte pas le Dolby Digital.
Lors du démarrage de la TV et du décodeur, un “handshake” a lieu via HDMI durant lequel la TV communique son EDID (Extended Display Indentification Data) avec le décodeur.
Cet EDID reprend les infos sur les capacités video et audio de l’écran.
Du coup, le décodeur recevait comme info que l’écran ne supporte par le Dolby Digital et se limitait donc à proposer des pistes audio en Stereo.
Même si, de mon côté, le son passe par un ampli Home Cinema via câble optic.
Trois options pour résoudre ce problème:
1) Changer de TV pour un modèle plus récent ;
2) Connecter le décodeur via HDMI à un ampli HC qui renvoie ensuite le signal video à la TV ;
3) Installer un petit boitier “EDID emulator” entre le décodeur et la TV.
Etant extrêmement satisfait de ma dalle Panasonic VT50 et n’ayant pas la possibilité d’utiliser la seconde option, j’ai opté pour la troisième possibilité.
Le petit boitier envoie un “fake” EDID au décodeur qui pense du coup être raccordé à un écran qui supporte le Dolby Digital.
Netflix me propose à présent les pistes audio 5.1 et mon ampli HC reçoit parfaitement le signal 5.1 via le câble optic.
Si ça peut aider quelqu’un. 
Ce problème pourrait être évité si le décodeur permettait de configurer la sortie optique en « pass-through » et activer le son 5.1 même si l’écran auquel il est connecté n’est pas prévu pour.